アメリカ大統領直属のエージェントのレオンは、機密情報を握るアントニオ・テイラーを拉致した武装集団の車両を追っていた。だが突如現れた謎の女の妨害に遭い、犯人たちを取り逃がしてしまう。
一方、対バイオテロ組織「B.S.A.A.」のクリスは、サンフランシスコを中心に起きている、感染経路不明のゾンビ発生事件を担当していた。
調査の結果、ウィルスの被害者全員がある場所を訪れていたことを突き止める。
そこは、かつて刑務所として使用されていた監獄島・アルカトラズだ。
島へ調査に向かう為、クリス一行はフェリーへと乗り込む。
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